在公司股权转让全过程中，如何确定公司股权转让工程款，在实际中经常容易引起争议。当今，在我国《公司法》及相关的法律法规除开对国有制股份的出让定价作了约束性要求外，针对一般公司股权转让价钱的明确并没有作实际的要求。依据意思自治原则，只需被告方不触犯国家法律的强制要求，不危害我国和第三人的合法权利，法律法规容许公司股东随意明确公司股权转让价钱。

在法律法规实践活动中，一般股份的出让价钱通常由下列多种方法明确：

(1)被告方随意商议明确，即公司股权转让时，股权转让工程款由转让方与受让方随意商议明确，可称之为“商议价法”。

(2)以企业工商登记注册的公司股东认缴出资额为公司股权转让价钱.可称之为“认缴出资额法”。

(3)以企业净资产额为规范明确公司股权转让价钱，可称之为“资产总额价法”。

(4)以财务审计、评定的价钱做为根据测算公司股权转让价钱，可称之为“参考价法”。

(5)以拍卖价、转卖价为公司股权转让价钱。

尽管被告方可以随意选择以上方法明确公司股权转让价钱，但仍需遵循在我国法律法规的强制要求。假如公司股权转让价钱与股份具体使用价值(或价值)差别过大，通常很容易造成股份特让纠纷案件，有争议的一方很有可能会以此为由认为公司股权转让彼此恶意串通。而按照在我国《民法典》的相应要求，恶意串通承诺公司股权转让价钱,致我国、团体或是第三人权益损伤的，将造成公司股权转让个人行为失效为了防止该类法律纠纷，确保公司股权转让多方的合法权利，被告方应尽可能采用体现股份具体使用价值或价值的价钱明确方法。例如。可以先向企业的财产、债务状况开展总体评定、财务审计，明确出让基准价格，并借此为基本商议明确出让价钱，还能够融合企业不良贷款率、国家环保政策等要素明确出让价钱，或是引入竞拍、转卖的市場激励机制出让股份。