（一）知识产权创造方式的选择导致税务待遇差异

1.自主开发、合作开发、委托开发涉及的税务差别较大。

知识产权如为委托开发，则受托方不能就开发投入进行研发费用加计扣除（费用加计50%税前扣除）、而委托方通常可依据受托方给出的研发费用清单进行加计扣除。

2.而委托开发与技术转让存在相似性，但其税务待遇也是不一致的，技术转让还存在更为优惠的技术转让所得税减免（500万以下免除、500万以上减半为12.5%）。

（二）交易协议与转让定价相关问题

对于知识产权交易协议的签订，合同双方应注意合同中的纳税义务条款，建议在合同中对于哪一方负有纳税义务、合同价款中是否包含税款等问题进行明确约定。

对于转让价格的确定，建议合同当事人事先请第三方评估机构介入。根据《企业所得税法》第六章关于特别纳税调整的规定，企业与其关联方之间的业务往来，不符合独立交易原则而减少企业或者其关联方应纳税收入或者所得额的，税务机关有权按照合理方法调整。因此，即使在关联企业的知识产权交易当中，转让价格不合理反而有可能引起税务机关的注意，被税务机关怀疑为转移利润。

对于专利特许涉及的特许权使用费而言，应注意特许权使用费和服务费之间的区别，两者所涉及的税种有所不同。特许权使用费收入除与技术服务收入同样按照6%的税率缴纳增值税以外，还应按照《企业所得税法》的规定缴纳企业所得税。尤其是涉及非居民企业时，企业的专利许可属于特许权使用费，应该征收预提所得税，而技术服务属于劳务范畴，如果劳务发生地不在我国境内则无需在我国境内缴纳增值税。实践中存在很多与技术许可和转让相关的技术服务，我国现行法律政策对二者如何区分有一定的规定，但总的来说操作性仍然存在较大的改进空间。

（三）税收激励与税收最小化冲突的解决

在一些关联企业的知识产权交易中可能存在着中方子公司为劳动附加值较低的生产者，外方母公司主要将其低端业务交给中方子公司完成的情形。在这种情况下，为了减轻子公司的税收负担，外方母公司给予子公司较低的费用以减少其企业所得税的缴纳额度，这在一定意义上是合理的。然而，这种做法使得中方企业很难达到高新技术企业的标准，从而无法享受前文提到的15%的优惠税率。这就产生了税收激励与税收最小化的冲突。实际上，关联企业可以在成本分摊协议中进行调整，提高技术投入在子公司成本中的比重。双方也应该对相关问题提前进行考量，找到最优点，获得总体上税收地位的最优化。